丙成年冬天，耶律楚材跟随太祖攻下灵武，将领们都争着抢夺美女钱财，只有耶律楚材只收集散乱的书籍和大黄之类的药材。不久，军队爆发了传染病，耶律楚材用大黄，立刻就治好了。太祖忙于西征，无暇制定各种军政制度，导致州郡官吏任意烧杀抢掠，甚至抢夺别人的妻女作为奴仆，抢夺财物，兼并土地。燕蓟留后长官石抹咸得卜尤其贪暴，杀人无数。耶律楚材知道后痛哭，立即奏报太祖，并请求下令各州郡官吏，非奉太祖命令不得擅自征发百姓当差，判处死刑的必须上报朝廷批准，违背的人要被处死。经过这样一番整顿．贪暴之风稍稍收敛。燕京地带盗贼横行，天还没黑就赶着牛车直奔富人家，夺取财物，不给就杀人。当时睿宗以皇子的身份监国，将此事上报给朝廷，睿宗派遣中使和耶律楚材一同前往彻底查办。耶律楚材查到这些人的姓名，都是前线将领留在后方的家人亲戚和权势之家的子弟，耶律楚材将他们全部逮捕下狱。他们的家属贿赂中使，即将从轻发落，耶律楚材向中使说明了利害关系，中使害怕，接受了耶律楚材的意见，将此案审理结束，在街市处斩了十六人，燕地的百姓这才得以安定。
己丑年秋天，太宗将要即位，同族的人都聚集在一起讨论此事，拿不定主意。此时，因为睿宗是太宗的亲弟弟，所以耶律楚材对睿宗说：“这是国家天事，早定为好。”睿宗说：“还未商议好，另外挑个口子行吗？”耶律楚材说：。过了这天就没有占日了。”于是确定太宗继承皇位，并制定群臣朝拜礼制。耶律楚材对亲乇察合台说：“亲乇您虽然是兄长，论地位您却是臣子，按照礼仪您应当拜。您拜了，就没有人敢不拜。”察合台深表同意。等到太宗即位的时候，亲王察合台率皇族及臣僚拜于帐下。朝拜完毕，察合台对耶律楚材说：‘你真是关系国家安危的重臣啊。”元朝对于皇帝及长辈行跪拜礼是由此时开始的。当时有许多入朝会时会迟到，应当被处死，耶律楚材上奏说：“陛下刚刚即位，应该宽恕他们。”太宗采纳了他的意见。
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