宋元璋即皇帝位后，刘基上奏制定军卫法。当初确定处州税粮时，仿照宋制每亩加五合，唯独青田县除外，太祖这么说道：“要让刘伯温家乡世代把此事传为美谈。”太祖巡幸汴梁时，刘基与左丞相李善长一起留守京城。刘基认为宋、元两朝都因为过于宽纵而失天下，所以现在应该整肃纲纪，于是便下令御史检举弹劾，不要有任何顾忌，宿卫、宦官、侍从中，凡犯有过错的，一律奏明皇太子，依法惩治，因此人人都畏惧刘基的威严。中书省都事李彬因贪图私利，纵容下属而被治罪，李善长平时和李彬关系密切，请求从宽发落。刘基不听，并派人骑马速报太祖，得到批准，刘基便在祈雨时，将李彬斩首。因为这件事，刘基与李善长开始不和。太祖返京后，李善长便向太祖告状，说刘基在祭坛下杀人，是不恭敬的。
那些平时怨恨刘基的人也纷纷诬陷刘基。当时正逢灭旱，太祖要求诸臣发表意见，刘基上奏说：“士兵死亡的，他们的妻予都居住在另外的营地，共有数万人，致使阴气郁结。工匠死后，腐尸骨骸暴露在外，将投降的吴军将吏都编入军户，便足以防调阴阳之气。”太祖采纳了他的意见，但十天过后仍不见雨，太祖发怒。此时恰好刘基的妻子死了，所以刘基请求告辞还乡。太祖正在营造中都，又积极准备消灭扩廓。刘基临走_F奏说：“凤阳虽是皂上的故乡，但不是建都的地方。王保保不可轻视。”不久，定西之役失利，扩廓逃往沙漠，从那时起一直成为边患。这年冬天，太租亲自下诏，叙说刘基征伐之功，召他赴京，赏赐财物特别十厚，追赠刘基的祖父、父亲为永嘉郡公，并多次要给刘基进爵，刘基都推辞不接受。
当初，太祖囚事要责丞相李善长，刘基劝说道：“他虽有过失，但功劳很大，威望颇高，能调和诸将。”太祖说：“他三番两次想要加害于你，你还设身处地为他着想？我想改任你为丞相。”刘基叩首说道：“这怎么行呢？更换丞相如同更换梁柱，必须用粗壮结实的人木，如果将小木头捆在一起作柱子，房屋就会立即倒坍。”后来，李善长辞官！
闩居，太祖想任命杨宪为丞相，杨宪平日和刘基关系很好，可是刘基仍极力反对，说：“杨宪具备当丞相的才能，却没有做丞相的气量。做宰相的人，必须保持像水一样平静的心情，将义理作为权衡事情的标准，而不能搀杂自己的主观意见，杨宪就做不到。”太祖又问汪广洋如何，刘基同答：“他的气量比杨宪更狭窄。”太祖接着问胡惟庸怎么样，刘基义回答道：“丞相好比驾车的马，我担心他会将马车弄翻。”太祖丁是说道：“我的丞相，确实只有先生你最合适了。”刘基谢绝说：“我太疾恶如仇了，又不耐烦处理繁杂事务，如果勉强承担这一重任，恐怕要辜负皇上委托。天下哪里担忧没有人才，只要皇上留心物色就是了。目前这几个人确实不适合担任丞相的职位。”后来，杨宪、汗广洋、胡惟庸都因事获罪。洪武三年，太祖授任刘基为弘文馆学士。十一月，大封功臣，又授刘基为开罔翊运守正文臣、资善大夫、上护军，封诚意伯，食禄二百四十石。第二年，准许刘基告老还乡。
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